Timur Hanın torunu olup babası Muizzüddin Ömer Şeyhtir. 1438 yılında Herat’ta doğdu. 1470 (H. 874) yılında Şahruh’un oğlu Baysungur’un torunu Mirzâ Yâdigâr Muhammed’i bertaraf ederek; Horasan, Sîstân, Belh ve Harezm bölgelerine hâkim oldu. Böylece Tîmûr torunları arasındaki taht mücâdelelerine son verdi.

Herat’ı başşehir yaptı. Devri, hâkim olduğu yerlerde sulh ve sükûn devri olduğu gibi, Herat da kültür merkezi durumuna geldi ve şöhreti dünyâya yayıldı. Hattâ Uluğ Beyin ölümü üzerine sönmeye yüz tutmuş olan Semerkand medeniyeti, yerini Herat Medeniyetine bıraktı. Zamânında Herat’ta ilim tahsil eden talebe sayısı 12 bin kişiyi buldu.

İlim ve sanata çok fazla değer veren Hüseyin Baykara, âlim ve şâirleri sarayından eksik etmezdi. Böylece târihte “Baykara Meclisleri” olarak zikredilen zevkli, eğlenceli, ilmî toplantılara yer verirdi. Onun meclislerinde Molla Câmî, Hâtıfî, Alî Şîr Nevâî gibi önde gelen İran ve Türk şâirleri ile meşhur ressam Bihzâd, tezkire sâhibi Devletşah ve hat üstâdı Sultan Ali de bulunurlardı.

Osmanlı tezkirelerinde “İran pâdişâhı, cihân şahlarının şâhı, fâzılların görüp gözeticisi, beliğlerin koruyucusu, Acemin Hüsrev’i” şeklinde zikredilen Sultan Hüseyin Baykara’nın, Osmanlı hükümdârı ve muâsırı Sultan İkinci Bâyezîd tarafından hatırının sayıldığı da bir gerçektir. Hattâ şâir Behiştî’nin, Hüseyin Baykara’nın ricâsı üzerine İkinci Bâyezîd Han tarafından affedildiğini yine Osmanlı şuarâ tezkireleri kaydetmektedir.

En büyük hizmeti Türk dilini ve kültürünü himâye etmesidir. Zamânında Çağatay Türk Edebiyâtı altın devrini yaşamış ve Türkçe'ye olan itibâr artmıştır. Çağatay Türk Edebiyâtının gelişme ve olgunlaşmasında Hüseyin Baykara’nın hizmeti büyüktür. Türkçe bir dîvânın sâhibi olan Şâir Hükümdâr, şiirlerinde Hüseynî mahlasını kullanmış, küçüklükten beri birlikte büyüdükleri çocukluk ve mektep arkadaşı Alî Şîr Nevâi ile Türkçe'nin devlet ve edebiyât dili olması için çalışmış, Türkçe yazmayı emreden ferman çıkarmıştır. Hattâ bununla da kalmayarak, devrinin ağır ve karışık hayâtına rağmen, çeşitli Türk şîve ve ağızlarına, halkiyâtına âşina olarak, kendi milletinin edebî zevkini de tatmıştır. Ali Şîr Nevâî, onu Türk şîvelerini en iyi bilenler arasında göstermekten zevk duymuştur.

Şiirlerinde lirizm (akıcılık ve coşturuculuk) hâkimdir. Dîvân’ındaki gazellerin hepsini remel vezniyle yazmış, böylece Türk Edebiyâtı içinde ayrı bir husûsiyet taşımıştır. Heyecânlı, çekici ifâdeler, tasvîr güzelliği, canlı bir üslubu vardır. Türkçe'nin âşığı olan bu Hükümdâr Şâir, yalnız fermanda kalmamış, Dîvân’ı ile de Türkçe'ye hizmetini bilfiil ortaya koymuş, dili çok güzel kullanmış ve şiirlerinde yabancı kelimelere oldukça az yer vermiştir. Hüseyin Baykara'nın saltanatının yükselişine büyük emeği geçen, ilim ve sanat adamı olduğu kadar, müşâvirlik de yapan, hattâ devlet hizmetinde yer alan, devrin Türkçe savunucusu olan Mîr Alî Şîr Nevâî, Mecâlisü’n-Nefâis adlı şuarâ tezkiresinin bir bölümünü ona tahsis ederek, bu hizmetini takdirle yâd etmiştir.

Türkçe Dîvân’ından başka Mecâlisü’l-Uşşâk adlı Farsça biyografik bir eserin yazarı olduğu söyleniyorsa da bu durum şüphelidir. Kendisini ilim ve kültüre veren, Farsça şiirler de yazan Sultan Hüseyin Baykara, 36 yılı aşkın saltanat sürmüş ve 1506 (H. 911) yılında vefat etmiştir. Sağlığında Herat’ta hazırlattığı Kubbe-i Âliyye’de yatmaktadır.