Daima, vezir rütbesinde Beylerbeyi tarafından idare edilirdi. Protokolde; Mısır, Budin ve Rumeli eyaletlerinden sonra dördüncü sırada yer almaktaydı. Rumeli eyaletinin 1362 senesinde kurulmasından sonra, 1393’te de Anadolu eyaleti kuruldu. Eyaletin merkezi, önceleri Ankara idi. Yıldırım Bayezid Han 1393’te Kara Timurtaş Paşayı Ankara’ya Anadolu valisi olarak tayin etti. Fatih Sultan Mehmed Han, tahta çıkınca o zaman Anadolu beylerbeyi olan İsa Beyi bu görevden alarak yerine İshak Paşa'yı tayin ettikten sonra beyliğin merkezi Kütahya’ya taşındı. Kanuni Sultan Süleyman’ın şehzadeleri Bayezid ve Selim’in Kütahya’yı idare ettikleri 1550-1558 ve 1562-1566 seneleri arasında Anadolu eyaletinin merkezi tekrar Ankara oldu.

Sultan İkinci Bayezid devrindeki kayıtlara göre, Anadolu eyaletinin aşağıdaki on yedi sancaktan meydana geldiği görülmektedir: Kütahya, Saruhan (Manisa ve yöresi), Hüdâvendigâr (Bursa ve çevresi), Aydın, Menteşe (Muğla ve çevresi), Bolu, Hamid (Isparta ve çevresi), Ankara Kengırı (Çankırı ve çevresi), Kastamonu, Karahisar-ı sahip (Afyon ve çevresi), Kocaeli (İzmit ve çevresi), Biga, Karesi (Balıkesir ve çevresi), Sultanönü (Eskişehir ve çevresi), Alaiye (Alanya ve çevresi), Teke (Antalya ve çevresi).

Anadolu eyaleti, 16. asrın sonlarına kadar on yedi sancağını muhafaza etmiştir. Daha sonra üç sancağı başka yerlere bağlanmıştır. Önce Alaiye sancağı Kıbrıs eyaletine, daha sonra Biga ve Kocaeli sancakları ayrı zamanlarda Kapdan Paşa eyaletine bağlanmıştır.

İkinci Bayezid Han devrinde yapılan tahrirlere göre, Anadolu eyaletinde 103’ü zaim ve 7.500’ü sipahi olmak üzere 7.603 timar sahibi vardı ve 5.372 cebelü ile birlikte bu sırada Anadolu beylerbeyinin emri altında savaşa iştirak edebilecek sipahi adaylarının mevcudu 12.975 civarında idi. Kanuni Sultan Süleyman devrinde yapılan tahrirlere göre, Anadolu eyaletinde 160 kaza, 154 nefs-i şehir ve kasaba, 12.527 köy, 1887 cemaat bulunmakta idi. 1560-1580 seneleri arasında 5.372 olan cebelülerin sayısı 10.025’i bulmuştur. Bu da timar sahiplerinin harbe götürmek mecburiyetinde olduğu cebelü adedinin büyük ölçüde arttığını göstermektedir. Anadolu eyaletinin sancak sayısı on dörde indirildiğinde 298’i zeamet ve 7.188’i timar olmak üzere 7.486 kılıç timar sahibi bulunuyordu.

1609 senesinde on dört sancaklı Anadolu eyaletinde 195 zeamet, 7166 timar olmak üzere toplam 7.311 kılıç ve cebelüleri ile beraber 17.000 asker bulunuyordu. On yedinci asırda ve daha sonraki asırlarda eyalet teşkilatı değişinceye kadar durum bu şekilde devam etmiştir. Anadolu eyaleti, 1825’te çok küçülmüş, yine Kütahya merkez olmak üzere Afyonkarahisar, Sultanönü ve Ankara’dan ibaret kalmış, hatta kısa bir süre sonra Afyon da hariç bırakılmıştır. Eyalet, 1864’te idari teşkilatta yapılan değişikliklerden sonra vilayetlere ayrıldı.