Malkoçoğullarının merkezi Silistre’dir. Yıldırım Bazeyid, Fatih Sultan Mehmed, Sultan İkinci Bayezid ve Yavuz Sultan Selim Han zamanlarında önemli hizmet ve kahramanlıkları görülen bu ailenin atası Malkoç Mustafa Beydir. Turhan Beyoğulları, Mihaloğulları ve Evrenosoğulları gibi, Rumeli’ye sefer yapan ve akınlar düzenleyen Malkoçoğulları, kısa zamanda büyük ün kazandı. Yıldırım Bayezid Han, şehzadesi Çelebi Süleyman’ın yerine Malkoçoğlu Mustafa Beyi Sivas dizdarlığına (kale komutanlığına) tayin etti. 1400’de Timur Hanın Anadolu’ya düzenlediği sefer sırasında Sivas’ı on sekiz gün savunan Malkoç Mustafa Bey, sonunda kaleyi teslim etti. Kale müdafîleriyle birlikte Mustafa Bey de Timur’un emriyle öldürüldü. Malkoç Mustafa Beyin torunu Bali Bey sayesinde, ailenin ünü Fatih Sultan Mehmed Han ve Sultan İkinci Bayezid Han zamanında da devam etti.

Yavuz Sultan Selim Hanın Çaldıran (İran) Seferine katılan Malkoçoğlu Bali Beyin iki oğlu Ali ve Tur Ali beyler, önemli kahramanlıklar gösterdiler. Bali Beyin küçük oğlu Silistre Beyi Tur Ali Bey, muharebe esnasında bizzat Şah İsmail tarafından şehit edildi. Sofya sancak beyi olan Ali Bey de bu muharebede şehit düştü.

Malkoçoğulları sülâlesinin son temsilcilerinden en önemlisi, Yavuz unvanıyla tanınan Malkoçoğlu Ali Paşadır. 1603’te Yemişci Hasan Paşanın yerine sadrazamlığa getirildi. Mısır’da bulunan Malkoçoğlu Ali Paşa, kırk günde İstanbul’a gelip vazifesine başladı. İlk iş olarak İran meselesini ele aldı. O sırada kaptanpaşa olan Cağalazâde Sinan Paşa'yı kaptanpaşalığı üzerinde kalmak şartıyla serdarlığa tayin ederek, İran üzerine yolladı. Ertesi sene de kendisi, ordunun başında serdar olarak Macaristan Seferine çıktı. Sofya’ya ulaşıldığı sırada sağlığı bozulmaya başladı. Belgrad’a vardıktan dört beş gün sonra vefat etti. Ali Paşanın ölümüyle Malkoçoğlu sülâlesinin şöhreti de son buldu.