Kabakçı Mustafa isyanının sebepleri çok çeşitlidir. On sekizinci yüzyılın başlarında Osmanlı Devleti, içte ve dışta çeşitli düşmanlarla mücadele ediyordu. 1789 Fransız ihtilâlinden sonra Avrupa’da meydana gelen olaylar, Osmanlı ülkesini etkilemedi. Hattâ Sultan Üçüncü Selim Han, “Nizâm-ı Cedîd” adı ile askerî, mülkî, idarî, ticarî, içtimaî ve siyasî bir dizi ıslahat teşebbüslerine girişerek, devlete yeni bir hayatiyet ve canlılık getirdi. Bu durum; Rusya, Fransa ve İngiltere’nin hoşuna gitmedi. 13 Aralık 1806’da çıkarılan Sırp isyanı, 1807’de Rusya’ya harp ilanı ve İngiliz donanmasının İskenderiye’yi işgali, tamamen Osmanlı Devletinin bu gelişme programını önlemeye yönelikti. Nitekim bu faaliyetler, içeride de, Selim Hanın kurduğu modern Nizâm-ı Cedîd ordusunu istemeyen yeniçeriler ile menfaatperestleri ve Osmanlı Devletinin yıkılmasını isteyen hainleri harekete geçirdi. Akkâ yenilgisini bir türlü unutamayan Fransızların İstanbul Sefîri Sebastiani’nin teşviki ve Selânikli Sadaret Kaymakamı Köse Musa’nın tahrikleriyle âsiler, ayaklanmaya hazır hâle geldiler. Karadeniz Boğazı tabyalarındaki yeniçeriler ve yamaklar, gizlice, modern ve talimli yeni askerlere karşı kışkırtıldılar. Sadaret Kaymakamı Köse Musa’nın telkinleriyle, yamaklar, Haseki Halil Ağayı parçaladılar. Bu hareket ile isyan başlatıldı. Büyükdere Çayırında toplanan âsiler, Kastamonulu Kabakçı Mustafa’yı lider seçtiler. İsyan genişledi. Beş yüz kadar âsi, İstanbul’a yürüdü. Âsileri, Levend Çiftliğindeki bir tabur nizamî asker durdurmaya kâfiyken, Köse Musa, Nizâm-ı Cedîd askerinin harekâtını durdurdu. Sultan Üçüncü Selim Han da, Müslüman kanı dökülmesini istemedi. Sultan Üçüncü Selim Hanın; “Bu işlere sebep, benim hilmimdir (yumuşak huylu olmamdır)!” demesi üzerine, Köse Musa, âsileri teskin edeceğini ifade ederek, Nizâm-ı Cedîd askerlerinin kaldırıldığı hakkındaki fermanı çıkarttı. Kararın hemen ardından Köse Musa harekete geçti. Çardak ve Unkapanı İskelesine gelen âsiler, yeniçeriler ile birleşip, Nizâm-ı Cedîd taraftarı devlet adamlarını katlettiler. Daha sonra Pâdişâhı da istemiyoruz diye bağıran âsiler, 29 Mayıs 1807’de, Sultan Üçüncü Selim Hanı tahttan indirip, yerine Sultan Dördüncü Mustafa Han'ı geçirdiler. Bütün ilerlemeler durduruldu. Kabakçı Mustafa, Turnacıbaşılık pâyesiyle Boğaz’a tayin edildi. Hükümet işlerinde nüfuz sahibi oldu. Fakat bu çok kısa bir zaman sürdü. Temmuz 1808’de, Boğaz’daki evinde öldürüldü.