Kırım Savaşı'nı doğuran olaylar, Osmanlı Devleti içindeki Hıristiyan ahalinin imtiyazları (hakları) meselesine de bağlı olduğundan, barışı düzenleyen Paris Kongresi'nde bu mesele de ele alındı. Nitekim İngiltere, Fransa ve Avusturya, daha Nisan 1855’te, Viyana’da, Kırım Savaşı sonrasında yapılacak antlaşmanın esaslarını görüşerek bazı kararlar almışlar ve 16 Aralık 1855’te bir antlaşmaya varmışlardı. Bu kararlar dört madde olup, Avusturya imparatorunun ültimatomuyla Çar'a bildirildi. Bu kararların dördüncü maddesi; “Osmanlı memleketlerinde bulunan Hıristiyan tebaanın hakları, padişahın istiklâl ve hakimiyetine asla dokunulmamak şartıyla tasdik olunacak, padişah bu hususta Rusya’nın muvafakatini gerektiren bir taahhütte bulunacak” idi. Bu maddede de görüldüğü üzere Osmanlı ordusunun kazandığı zafer bile, gayrimüslimlere imtiyaz sebebi oluyordu. Rusya, kurulacak Avusturya, Fransa, İngiltere ittifakı tehlikesi karşısında, bu kararları kabul etti. Osmanlı hükümeti, kendi Hıristiyan tebaası ile ilgili maddenin, devletin iç işlerine karışma anlamına geleceğini bildirerek, 16 Aralık tarihli kararlar arasında yer almamasına çalıştıysa da başarılı olamadı. Neticede, bu maddenin programlaştırılması için şu tezler ortaya atıldı:

Rus tezi: “Osmanlı Devleti sınırları içinde yaşayan Hıristiyanların hak ve imtiyazları, Avrupa devletlerinin müşterek garantileri altına alınmalıdır.”

İngiliz tezi: “Tam ölçüde bir din serbestliği ve hukuk eşitliği sağlanmalıdır.”

Fransız tezi: “Müslüman tebaa ile Hıristiyan tebaa arasında cemiyet, haklar, vergiler, millî eğitim ve devlet memurluklarına geçme bakımından sürüp gelen farklar, bir ferman ile kaldırılarak Gülhane Hattı’nda (Tanzimat Fermanı) işâret edilen tebaa eşitliği tam manasıyla geliştirilmelidir.”

Bâbıâlî, Rusya’nın teklifini, hükümranlık haklarına müdahale, İngiliz teklifini de İslâmiyet'i küçültücü gördüğü için, Fransız teklifini kabul etti. Ayrıca, yapılacak Paris Konferansı'nda Rusların, gayrimüslimler konusunda bir istekleri ile karşılaşmak istemiyor du. Fransız tezinin kabulü üzerine, bunun bir ferman hâline getirilmesi, Bâbıâlî’ye bırakıldı.

Âlî Paşa hükümeti tarafından ilan edilen bu fermanın hazırlanmasında, İngiliz ve Fransız elçileri de bulunmuştu. Bu şekilde hazırlanan ferman, Paris Konferansından önce, 28 Şubat 1856’da Bâbıâlî’de Islahat Hatt-ı Hümâyûnu adıyla, devlet erkânı, şeyhülislâm, patrikler, hahambaşı ve cemaatlerin ileri gelenleri önünde okunarak ilan edildi. Otuz beş maddeden meydana gelen fermanın getirdiği önemli hususlar, özetle şunlardı:

1. Tanzimat fermanı ile, değişik din ve mezheplerdeki bütün tebaaya verilen teminat, bu fermanla yenilendiğinden,     bunların uygulaması için gerekli tedbirler alınacaktır.

2. Müslümanlar ile Müslüman olmayanlar kanun önünde eşit olacaklardır.

3. Patrikhanelerde yeni meclisler kurulacak ve bu meclislerin verecekleri kararlar, Bâbıâlî tarafından onaylandıktan     sonra yürürlüğe girecektir.

4. Patrikler, kayd-ı hayat şartıyla bu makama seçileceklerdir.

5. Cemaatlerin, ruhanî reislerine verdikleri cevâiz (bahşişler, hediyeler) ve aidatlar, tamamıyla kaldırılarak hepsi     maaşa bağlanacaktır.

6. Şehir ve kasabalarda bulunan, azınlıklara ait kilise, manastır, mezarlık, okul ve hastane gibi yerlerin, tamir ve     yeniden yapılmasına izin verilecektir.

7. Hiç kimse, din değiştirmeye zorlanmayacaktır.

8. Devlet hizmetlerine, askerlik görevine ve okullara, bütün tebaa, eşit olarak kabul edilecektir.

9. Irk, din, dil farkı gözetilmeyecek ve hiçbir mezhep, diğerine üstün sayılmayacaktır.

10. Bütün toplumlar, okul açabilecektir.

11. Hangi uyruktan olursa olsun her vatandaşın eşit ve serbest şekilde ticarî ve ekonomik girişimlerde bulunması       sağlanacaktır.

12. Müslümanlar ile gayrimüslimler arasındaki davaları görmek üzere, karışık mahkemeler kurulacaktır.

13. Yabancı devlet ile yapılacak antlaşmalar gereğince, yabancılar da Osmanlı Devleti sınırları içerisinde mülk sahibi       olabileceklerdir.

14. Her cemaatin ruhanî reisiyle, devlet tarafından bir sene müddetle tayin edilecek birer memuru, bütün tebaayı       ilgilendiren meselelerde Meclis-i Vâlâ-yı Ahkâm-ı Adliye müzakerelerine iştirak ettirilecektir.

Islahat Fermanı da, maddelerinden anlaşılacağı üzere, Tanzimat Fermanı gibi, Osmanlı İmparatorluğu içerisindeki gayrimüslimleri, özellikle Hıristiyanları, Müslümanlarla aynı haklara kavuşturmayı esas almıştır. Bu iki fermanın görünürdeki gayeleri, bütün Osmanlı toplumunu; ırk, din ve dil ayrımı gözetmeden kaynaştırmayı sağlamak idiyse de tatbiki aksi oldu. Bu ferman, gayrimüslimlerle Müslümanları kaynaştırmak şöyle dursun, çeşitli gayrimüslim unsurların, hattâ aynı mezhepten olan çeşitli ırkların bile birbirleriyle bir arada yaşamalarını sağlayamadı.

Bu ferman, konu olarak, sadece Müslüman olmayan uyruğun ayrıcalıklarını genişletmiştir. Nitekim, Tanzimat'ın ve arkasından 1856 Islahat Fermanı’nın getirdiği yeni haklarla, Osmanlı tebaası içindeki gayrimüslimlerin durumu, Müslümanlara nazaran çok daha iyi bir duruma geldi. Avrupa’nın himaye siyaseti sayesinde, büyük ekonomik güce ve siyasî haklara da kavuşuyorlardı. Artık resmen millet terimiyle tanımlanan dinî cemaatlerin, gelişme ve genişleme imkânları artmış bulunuyordu. Öte yandan Avrupa devletlerinin, Osmanlı hükümetini böyle bir fermanı ilana mecbur bırakması, kendilerine siyasî, ekonomik, hukukî ve kültürel alanlarda, yeni çıkarlar sağlamayı hedef alıyordu. İngiltere, Kırım Savaşı ile Rusların sıcak denizlere inmesini önlemiş, Fransa da Akdeniz ticaretini emniyete almış, ayrıca Katoliklerin hâmiliğini üzerine almıştı. Rusya ise, savaşta kaybettiğini bu fermanla masa başında kazanmıştı. Ayrıca, Âlî Paşa'nın, bu fermanın Paris Antlaşması maddeleri içinde yer almasını istemesi, batılı devletlerin, iç işlerimize müdahalesine imkân verdi.

Islahat Fermanı, Gülhâne Hatt-ı Hümâyûnu gibi, sessizlikle karşılanmamış ve çeşitli yönlerden eleştirilmiştir. En büyük eleştiriyi Fransız elçisi; “Devlet-i âliyyenin bu kadar fedakârlık edeceğini me’mûl etmez idik (ummazdık). Canning (İngiliz elçisi) ne dediyse vükelâ-yı devlet-i âliyye (Osmanlı devlet adamları) kabul etti. Eğer biraz dayanılmış olsaydı, ben bazı mertebe kendilerine yardım ederdim” diyerek, olmaması gereken bir gafleti dile getirmiştir. Cevdet Paşa da; “Bu Islahat Fermanı’ndan dolayı millet-i İslâmiyye dilgîr (gönlü yaralı) olarak vükelâyı hâzırayı fasl ve mezemmet eder (kötüler) oldular” diyerek, fermanın nasıl karşılandığını ifade etmektedir. Hariciye Nazırı Fuad Paşa ise, aksine, bu belgenin anlaşmaya konulması ile yabancı müdahalenin önleneceğini savunmuştur.

Islahat Fermanı’nda gayrimüslim vatandaşların lehine olduğu kadar, onları tedirgin eden hükümler de bulunmaktaydı. Askerlik mükellefiyeti, Fatih devrinden beri bahşedilen dinî imtiyazlarla muafiyetlerin yeni şartlar dahilinde tetkiki, papazların öteden beri cemaatlerinden almakta oldukları haraç ve keyfî aidatın ilgasıyla aylığa bağlanmaları ve bütün ruhanî reislerin, sadakat yeminiyle mükellef tutulması gibi esaslar, onlara çok ağır gelen hükümlerdi. Bu yüzden, Müslümanlar kadar gayrimüslimler de (Tanzimat Fermanı’nda olduğu gibi) Islahat Fermanı'nın aleyhinde bulunmuşlardır. Devlet içerisinde bu şekilde karşılanan Islahat Fermanı, uygulamada da birçok güçlüklerle karşılaştı. Bunlar, Osmanlı Devletinin yapısı, Avrupa’nın siyaset, cemiyet ve ekonomi alanında geçirdiği gelişme ve Paris Antlaşmasına imza koyan devletlerin, işlerine karışmalarından doğuyordu. Bu sebeple de, bazı hükümleri kâğıt üzerinde kaldı.

Mustafa Reşid Paşa tarafından hazırlanan Tanzimat Fermanı ile, onun yetiştirmesi Âlî Paşa tarafından hazırlanan Islahat Fermanı arasındaki fark, hazırlık safhasında kendisini gösterir. Tanzimat Fermanı hazırlanırken, açık bir yabancı tesiri görülmezken, Islahat Fermanı, Âlî Paşa ile İstanbul’daki Fransız ve İngiliz elçileri arasında kararlaştırılmıştır. Gülhâne Hatt-ı Hümâyûnu, yayınlandıktan sonra, yabancı elçilere sadece bilgi edinmeleri için bildirildiği halde, Islahat Fermanı, Paris Konferansına katılan devletlere, Paris Antlaşmasının bir maddesinde işaret edilmek için gönderilmişti. Bu durum, Osmanlı Devletinin iç ve dış siyasetinde, bir yabancı müdahalesine yer vermişti.

Bazı batı tarzı kuruluşların ülkeye girmesi ile, cemiyetteki kuruluş ve anlayış farklılaşması, İslâmî müesseselerin yanında batı taklitçisi bir anlayış ve batı taklidi kuruluşların tesisine sebep olmuştur. Tanzimat ve Islahat Fermanları, devletin çöküşünü engelleme yolunda hiçbir fayda sağlamamış, aksine, ülkedeki tebaa ve cemiyetler arasında, yeni ve daha büyük problemlerin çıkmasına zemin hazırlamıştır.

Meselâ, Suriye’de büyük bir galeyan başladı. Arkasından 1858’de, Cidde’de, Müslümanlar ile Hıristiyanlar arasında çatışma çıktı. Fransız ve İngiliz konsolosları öldürüldü. Bunun üzerine, İngiliz ve Fransız donanmaları, Osmanlı Devletine sormadan, şehri bombaladılar. Faillerden on kişiyi yakalayarak idam ettiler. Cidde, bir Osmanlı toprağı idi. Bağımsız bir devletin topraklarında işlenen bir suçun failini, ancak o devletin cezalandırması, milletlerarası bir kaide, teamül olduğu halde, batılı devletlerin buna aldırdıkları bile yoktu. Nihayet, Lübnan’da da büyük bir isyan patlak verdi. Uzun mücadelelerden sonra, 9 Haziran 1861’de, Lübnan Nizamnamesi imzalandı. Buna göre; Hıristiyan bir valinin başkanlığında, Lübnan, muhtar eyalet hâline getirildi. Böylece, Islahat Fermanı, batılı devletlerin istediği şekilde meyveler vermeye başladı.