Kendisine “Seyyidü’l-Harameyn (Haremeyn’in Efendisi)” diye iltifat edilince; “Ben Seyyidü’l-Haremeyn değil, Hâdimü’l-Haremeynim (Haremeyn’in hizmetçisiyim)” diyen Yavuz Sultan Selim Han zamanında, Osmanlı hakimiyetine giren Haremeyn’e (Mekke ve Medine), Osmanlı sultanlarının hepsi, büyük hizmetlerde bulundular. Mekke ve Medine’nin imarıyla, buralardaki mukaddes makamların korunması için “Haremeyn Evkafı” adı verilen bir vakıf teşkilâtı ve Haremeyn Evkafı Nezareti kurdular. Bu teşkilâtı, 1586 senesine kadar kapıağaları idare etti. 1586 senesinden sonra Darü’s-Saâde Ağasının idare ettiği Haremeyn Evkafı Nezaretinin gelirleri, devamlı arttı. Elde edilen bu gelirlerle Haremeyn’deki cami, mescit ve medrese gibi hayır kurumlarının inşası ve tamiri yapıldı. Ayrıca Haremeyn’de bulunan fakir kimselerin ihtiyaçları karşılandı. Haremeyn Evkafının gelirleri, 18. yüzyılda 1.300.000 kuruş, giderleri 1.250.000 kuruşa ulaştı. Bu kuruluşun, Haremeyn Hazinesi adı verilen bütçesinin hesaplarını Haremeyn Muhasebeciliği, denetimini Haremeyn Müfettişliği yaptı. Gelir kaynaklarını Haremeyn Mukataacılığı işletti. Haremeyn Evkafının düzenli gelirleri dışında, saray mensuplarından mirasçı bırakmadan ölenlerin mal varlığı, Haremeyn Evkafına kalır, sivil ve asker vazifelilerin aylıklarının 25 liranın üstündeki tutarının yüzde 10’u Haremeyn İkramiyesi adıyla maliyece kesilerek hazineye aktarılırdı. 1826 senesinde Evkaf-ı Hümâyun nezareti kurulunca, Haremeyn Nezareti bu kuruluşa bağlanmaksızın idare edildi. 1834 senesinde, Haremeyn işleri için, bir müdürlük kuruldu. Daha sonra bu vazife Haremeyn Evkafı Nezaretince yürütüldü. 1838’de Haremeyn Evkafı Nezareti kaldırılarak, Haremeyn Evkafıyla ilgili hizmetler Evkaf Nezareti tarafından yürütüldü.

Osmanlılar zamanında Haremeyn’le ilgili vakıflar kurularak gelirleriyle Haremeyn’e hizmet götürüldüğü gibi, her yıl hac mevsiminde düzenlenen Surre Alaylarıyla, devlet adamlarının ihsanları ve halkın hediyeleri Haremeyn’e gönderildi. Bu ihsan ve hediyelerle, Haremeyn’deki eserler tamir edildi, ihtiyaç sahiplerinin ihtiyaçları giderildi.

Ayrıca Mekke ve Medîne’de vazife yapan ilmiye sınıfı mensuplarına veya diğer devlet vazifelilerine, başka yerlerde çalışanlara göre, daha yüksek derece veya pâyeler verildi.

Osmanlı Devleti'nin yıkılmasından sonra Suudoğullarının idaresine geçen Haremeyn’de, çevre düzenlemesi ve genişletme bahanesiyle yapılan çalışmalar sırasında, pekçok Osmanlı eseri yıkılmıştır. İngilizlerin geleneksel İslâm ve Osmanlı düşmanlığı sebebiyle yaptıkları telkinler neticesinde, asırlar boyunca Haremeyn’de meydana getirilen Osmanlı eserleri tahrip edilerek yok edildiğinden, bunlardan günümüze pek azı kalmıştır.