1740 yangını: Bu yangın, sadrazam Mehmed Paşanın devrinde vuku bulmuştur. Harem ağalarının oturdukları kısımda başlayan yangın, kısa bir sürede binayı sarmış, havanın rüzgârlı olması yüzünden arz odası, hasır odası ve bitişik daireler tamamen yok olmuştur. Devrin padişahı Sultan Birinci Mahmud, söndürme çalışmalarına bizzat nezaret etmiştir. Ancak kısmen kurtarılan kısımlar da, birkaç gün sonra çıkan bir yangınla kül olmuştur.

1755 yangını: Silahdar Tevkii Ali Paşanın sadrazamlığı sırasında meydana gelen yangın esnasında, Babıali binası da tamamen yanmıştır. Demirkapı semtinde çıkan yangın, kısa bir sürede bütün semti sarmış ve yangında ev eşyalarını kurtaranlar, mallarını Sultan Üçüncü Osman’ın emriyle Gülhane Parkına koymuşlardır. Babıali binası inşa edilinceye kadar, işler Esma Sultan’ın Kadırga semtindeki konağına nakledilmiştir.

1808 yangını: Sadrazam Alemdar Mustafa Paşa'ya karşı ayaklanan yeniçerilerin, kasten çıkardıkları yangındır. 1808 yangınında da tamamen kül olan Babıali’nin, bir sene sonra yeniden inşasına başlanmış, bilahare binanın tamamlanmasıyla buraya taşınılmıştır.

1826 yangını: Büyük Hocapaşa yangını sırasında Babıali de yanmıştır. 36 saat süren bu yangın esnasında, Babıali, Çifte Saraylar, Büyük Çarşı semtlerinde sayısız bina kül olmuştur. Babıali dairesi, yangın neticesi geçici olarak Şeyhülislamın dairesine taşınmıştır. Babıali, tekrar, 1828’de yeniden inşa edilen binasında hizmet vermeye başlamıştır.

1839 yangını: Dahiliye dairesi ahırlarından çıkan yangın, binayı tamamen kül etmiştir. Devlet işlerinin gecikmesini önlemek için, memurlar, önce Necip Efendi Konağına, oradan da Defterdarlık binasına taşındılar. 1844’te inşaatı bitince merasimle açıldı ve çalışmalar kârgir olarak yapılan binada devam etti.

1878 yangını: Rivayete göre yangın, odacıların ihmali neticesi Şura-yı Devlet Dairesinde çıkmış ve altı saat devam etmiştir. Ahkam-ı Adliye Dairesi, Dahiliye ve Hariciye nezaretleri tamamen kül olmuştur. Sadrazamlık Dairesi ise büyük gayret sonucu kurtarılabilmiştir.

1911 yangını: Sabaha karşı çıkan bu yangında, Sadrazamlık ile Hariciye Nezareti daireleri kurtulmuştur. Şura-yı Devlet, Dahiliye Nezareti, Mektubcu, Teşrifatçı, Beylikçi, Sadaret Kalemi daireleri ile Vakanüvis daireleri tamamen yanmıştır.

Çeşitli tarihlerde kısmen veya tamamen olmak üzere vuku bulan Babıali yangınları sırasında, evrak ve vesikalara hiçbir şey olmaması, Osmanlı Devleti'nin mükemmel işleyen bir arşiv teşkilatı olduğunu göstermektedir. Babıali hazine-i evrakı, orada özel olarak yapılmış mahzene konur, her gün o evraktan lazım olanlar kalem dairelerine getirilir ve işi bitsin bitmesin, akşamları tekrar mahzene konur, sabahları yine getirilirdi. Bazen bu hususa riayet edilmemesi yüzünden, Babıali yangınlarında odalarda bulunup mahzene konmayan evrakların yandığı görülmüştür.