Osmanlı Devleti'nin son zamanlarında meydana gelen Kırım, Doksanüç ve Balkan harplerinden sonra, Anadolu'ya Kırım'dan, Kafkaslardan ve Balkanlardan pekçok Müslüman-Türk nüfus göç etti. Öte yandan, Tanzimat'tan sonra gayrimüslim tebaaya ve azınlıklara verilen imtiyazlar, özellikle Rumların ekonomik bakımdan güçlenmesi neticesini ortaya çıkardı. Bu sebeple, Yunanistan'dan Anadolu'ya göç oldu. Rumlar özellikle İstanbul'da, Batı Anadolu'da, Trakya'da ve Karadeniz kıyılarında yerleştiler. Ekseriyeti şehirlerde oturan, ticaret ve sanatla meşgul olan Rumlar, dış ticarette ve imalat sanayiinde önemli yer tuttular. 1919 senesinde, Batı Anadolu'daki imalathanelerin % 73'ü, Rumların elindeydi.

Osmanlı Devletinin parçalanması, yeni devletlerin kurulması, kurulan devletlerin Müslüman-Türklere zulüm ve işkenceler yapmaları neticesinde, Rumeli'den Türkiye'ye büyük göçler oldu. bu göçler 1911-12 Balkan Savaşları sonrasında hızlandı. 140 bini Yunanistan'dan olmak üzere, 400 bin Müslüman-Türk, Türkiye'ye geldi. 1919'da Batı Anadolu'daki Yunan işgalinde, yerli Rum ahali, Yunan ordusuyla işbirliği yaptı. Yunan ordusunun, yenilerek geri çekilmesi, Rumların da büyük zarar görmesine, bir kısmının Yunanistan'a kaçmasına sebep oldu (Bkz. Türk Göçleri).

Lozan'da, Yunanistan'daki Müslüman-Türk ahali ile Türkiye'deki Rum ahalinin karşılıklı mübadelesi, yani değiştirilmesi konusu da ele alındı. 30 Ocak 1923'te imzalanan antlaşmaya göre; Batı Trakya'da yaşayan Türkler ile İstanbul'da yaşayan Rumlar dışında kalan bütün Türk ve Rum nüfus değiştirilecekti. Mübadele edilen ahali, bir daha geri dönemeyecek, taşınır mallarını yanlarında götürebilecekler, taşınmazlarını ise karma komisyon denetiminde, altın değerine göre tasfiye edebilecekti. Antlaşmanın uygulanması için, iki ülkeden dörder, Milletler Cemiyeti Kurulunun seçtiği üç üyeden meydana gelen bir komisyon teşkil edildi. Komisyon, ekim 1923'te çalışmaya başladı. Birinci yıl bir miktar ahali mübadele edildi. Fakat İstanbul'daki Rumların tespiti hususunda anlaşmazlık çıktı. Yunanistan, hileli yollara başvurarak, İstanbul'da oturan Rumların doğum yerleri ve İstanbul'a yerleştikleri tarih ne olursa olsun mübadele dışı bırakılmasını istedi. Türkiye ise bunların Türk kanunlarına göre tespit edilmesini istedi.

Milletlerarası Adalet Divanı, Türkiye'nin görüşüne yakın bir karar aldıysa da, Yunanistan, bu karara uymadı. Batı Trakya'daki Müslüman-Türk ahalinin mallarına, antlaşmalara aykırı olarak el koydu. Bu malları, Rum göçmenlere dağıttı. Buna karşılık Türkiye de İstanbul'daki Rumların mallarına el koydu. İki ülke arasında bir müddet gergin bir hava hakim oldu. 1926 senesinde yapılan bir antlaşmayla, el konan taşınmazlar meselesi çözümlendi.

Ahali mübadelesi, 1923'ten 1927'ye kadar sürdü. Mübadele neticesinde 400 bin Müslüman-Türk, Türkiye'ye gelirken 1 milyonu aşkın Rum, Yunanistan'a gitti. Mübadele sırasında giden Rumların yüzde sekseni Anadolu'dan, yüzde yirmisi ise Trakya'dandı. 1927 senesine gelindiğinde, İstanbul'da yaşayan 110.000 Rum kaldı. 1930 senesinde "İkamet, Ticaret ve Seyrisefain Mukavelenamesi" adıyla Yunanistan'la imzalanan antlaşmayla, Türk tebaası bile olmayan Rumlara, Türkiye'de aynen Türk vatandaşları gibi haklar tanındı. Antlaşmada "Mütekabiliyet", yani iki tarafın da bu hakları karşılıklı olarak kullanması hükmü yer aldı. Türkiye'deki Rumlar, bu hakları fazlasıyla kullandılar. Hattâ, Türkiye'de ticari hayatın köprü başlarını, Rumlar tuttu. Türkiye Cumhuriyeti hükümetlerinin takip ettiği, tavizci dış politika sebebiyle, Türklerin Yunanistan'da aynı hakları kullanması bir tarafa, ellerindeki hakları, antlaşmalara rağmen alındı. Yunanistan, Batı Trakya Türklerine rahat zulmedebilmek için, Türklerin yaşadıkları bölgeyi, birinci derecede askeri yasak bölge ilan etti.

Güneydoğu Rodoplarda bulunan Pomak Türklerine, Hıristiyanlaştırarak eritme siyaseti tatbik edildi. Pomaklara, yoğun bir şekilde, kendilerinin aslen Türk olmadıkları telkini yapıldı. Pomaklar arasında Türkçe konuşmak yasak edildi. Diğer bölgelerde yaşayan Türkler arasında milli şuura hizmet eden gazeteler kapatıldı. Gazeteciler, çeşitli bahanelerle hapsedilerek, kendilerine işkence yapıldı. Cami, çeşme, mektep gibi dini ve hayrî eserlerin yapılmasına müsaade edilmediği gibi, eskilerin tamir edilmesine de binbir güçlük çıkartıldı. Bu yüzden o güzelim eserler, zamanla harabe hale geldi. Sık sık imar planları değiştirilerek, açılacak yollara Türk-İslam eserleri isabet edecek şekilde çizildi. Türklerin elinde bulunan topraklar, toprak reformu bahanesiyle istimlâk edilerek ellerinden alındı ve istimlâk bedelleri ödenmedi. Türk-İslam mezarlıkları, aynı şekilde istimlâk edilerek ortadan kaldırıldı. Yerlerine de gazino ve sinema gibi eğlence yerleri yapıldı. Türk sözünü kullanmak yasak edilerek, suni bir surette Türk ve İslam ayırımı yapıldı. Böylece, Müslüman Türkler arasına ikilik sokulmaya çalışıldı. Mahalli idarelere seçilmiş bulunan Türkler, Yunan emellerine hizmet etmedikleri takdirde, bunlara işten el çektirildi. Türklere memuriyet hakkı verilmediği gibi, Türklerden alış veriş yapılmasına çeşitli yollarla mani olundu. Türklerin tahsil imkânları, çeşitli yollardan engellendi ve bu suretle, onlar arasından münevver insanların yetişmesi engellendi. El altından ve çeşitli yollarla, Batı Trakya Türklerinin, Türkiye'ye göç etmeleri telkin edildi. Bu suretle, Türk nüfusunun azalmasına, azami gayret sarf edildi. Türkiye'de ise, azınlık durumunda olan Rumlara karşı yumuşak bir politika izlendi.

Konuştukları dillere göre yapılan son nüfus sayımında (1965), Türkiye'de Rumca konuşan 48.000 kişinin olduğu ve 80.000 Rum-Ortodoks olduğu tespit edilmiştir. Bu sayının sonraki yıllarda biraz daha azaldığı tahmin edilmektedir. Yunanistan'da ise, yaklaşık 150.000 Türk bulunmaktadır.