Sultan Murad Hüdâvendigâr'ın şehid olması üzerine, cesareti ve savaş ânında olağanüstü hızlı hareketi yüzünden "Yıldırım" lâkabıyla anılan, oğlu Bayezid Han tahta çıktı. 1390 ve 91'de iki defa Anadolu seferine çıkan Yıldırım Bayezid, Saruhan, Germiyan, Menteşe, Aydın, Teke ve Hamidoğulları'nın topraklarını sınırlarına kattı. Karamanoğulları arazisinin büyük bölümünü alırken beyliğe dokunmadı. 1391'de Eflak seferine çıktı. Eflak ordusunu mağlup ettikten sonra Osmanlı ordusu, Tuna'nın öbür yakasına geçti. Selanik alındı. Mora üzerine giden akıncı kolları, sınırı hızla genişletirlerken, Macar kralı Sigismund emrindeki Haçlılar, Niğbolu önlerine geldiler. Haçlıların gayesi, Osmanlı Türkünü Avrupa'dan, hattâ Anadolu'dan atarak Kudüs krallığını yeniden kurmaktı. Ancak, Avrupa'nın irili ufaklı bütün milletlerinin Kudüs'e kadar uzanan yolda, daha ilk ciddî imtihanı vermek üzere Niğbolu'ya saldırdıkları sırada Bayezid Han harekete geçti. Niğbolu Savaşı sonunda Haçlıların zayiâtı 100 bin ölü ve 10 bin esir oldu. Niğbolu Savaşında Türkleri ilk defa tanıyan ve Yıldırım'ın kumandanlığına ve kahramanlığına hayran olan Korkusuz Jean, esaretten kurtulursa, bir daha Türklere karşı kılıç çekmeyeceğine yemin etmişti. Buna karşılık Yıldırım Bayezid Han; "Bir daha benim aleyhimde silah kullanmamak için yaptığınız yemini size iade ediyor, sizi silahlarınızı elinize almaya ve bütün Hıristiyanları bize karşı toplamaya davet ediyorum. Bu suretle bana, yeni zaferlerle şan ve şeref kazandıracaksınız" diyerek kudretini ortaya koyuyordu.

Niğbolu Zaferinin en önemli sonucu, Bizans için bütün ümit kapılarının kapanmış olmasıydı. Artık Avrupa'dan hiçbir yardımın gelmesi beklenemezdi. Bundan sonra Yunanistan'a sefer düzenleyen Yıldırım Bayezid, Atina ve Mora'yı aldı. Hazret-i Peygamberin müjdesine kavuşmak için, İstanbul'u iki defa sıkı bir kuşatma altına aldı ise de, bunlardan birincisine Niğbolu Seferi, ikincisine ise Timur Han mâni oldu. Fakat Hıristiyan batıya galip gelen Osmanlılar, kendileri gibi Türk ve Müslüman olan doğuya mağlup oldular. Kendisini Cengiz'in mirasçısı olarak gören ve Cengiz imparatorluğu topraklarının tamamına hâkim bir İslam devleti kurmak isteyen Timur Han, Altınordu Hanlığı gibi, Ankara civarında 20 Temmuz 1402'de, Osmanlı Devletine de büyük bir darbe vurdu ve Anadolu'yu tekrar parçaladı. Bu yenilginin sebepleri arasında, karşı tarafın da askerlik sanatı ve yiğitlik bakımından bu taraftaki Türk'e denk olması yanında, Osmanlıların o sırada henüz Anadolu'da birliği sağlayamamış olmalarının rolü büyüktü. Anadolu beyliklerine son verilmişse de, beylik yapısı tam olarak ortadan kaldırılamamıştı. Bununla beraber, Timur'un devleti onun ölümüyle dağılacak, fakat Osmanlıların kurduğu devlet, aradan on yıl geçtikten sonra, bütün şevket ve azametiyle devam edecektir.

Yıldırım Bayezid'in Ankara Savaşı'nda esir düşmesi ve çok geçmeden de esaret hayatına dayanamayarak, kederinden vefat etmesi üzerine (Mart 1403), şehzadeleri arasında taht kavgaları başladı. 1403'ten 1413 yılına kadar devam eden ve Fetret Devri denilen bu süre sonunda, kardeşleri İsa, Musa ve Süleyman çelebilere galip gelen Mehmed Çelebi, Osmanlıları tekrar bir idare altında toplamayı başardı. 1413-1421 yılları arasında, tek başına Osmanlı tahtını temsil eden Sultan Çelebi Mehmed, giriştiği muharebelere bizzat katılmasıyla meşhur oldu. Bu savaşlarda yara alan Padişah, azimli, cesaretli, dirayetli ve kadirşinastı (değer bilirdi). Zamanında affetmesini ve kalp kazanmasını da bilirdi. Aydınoğullarını, Candaroğullarını ve Karamanoğulları'nı itaat altına aldı. Fetret devrinde elden çıkan Rumeli'deki toprakların büyük bölümüne yeniden sahip oldu. Şeyh Bedreddin ve Mustafa Çelebi isyanlarını bastırdı. 35 yaş gibi devletine en verimli olabileceği çağda, kalp krizinden vefat etti (1421). Sultan Çelebi Mehmed, oğlu II. Murad'a, âdeta yeniden kurarak sağlam temellere oturttuğu bir devlet bıraktı. Bu sebeple kendisi, devletin ikinci kurucusu olarak bilindi.

Kahramanlığı yanında bir gönül adamı olan Sultan II. Murad Han, 1430'da Selanik ve Yanya'yı fethetti. Varna ve Kosova'da Haçlılara karşı girdiği mücadelede, Türk tarihine altın harflerle geçen iki büyük zafer kazandırdı. Sırp despotluğunu ortadan kaldırdı. Kazandığı zaferler ve fetihler neticesinde, devleti her zamankinden daha güçlü bir hale getirdiği gibi, İstanbul'un fethini de yakın bir imkân haline soktu. Bu hükümdar devrinde, Osmanlı merkezi, ilmin ve kültürün de merkezi oldu. Beyliklerdeki kültür faaliyetleri Osmanlı payitahtına (başkentine) taşındı ve her sahada pek çok eser yazıldı. Bilindiği kadarı ile, Osmanlı hükümdarları içinde adına en çok eser yazılan, Türkçecilik cereyanını destekleyen, âlimlere hürmet gösteren bu padişah, tezkirelerdeki kayıtlara göre, şâir padişahların da ilkidir.

Ayrıca Gazi ve âdil olan Sultan II. Murad Han, geride her yönüyle sağlam temellere oturmuş, kudretli bir devlet bıraktı. 1451 yılında vefat etti.

1402-1413 yılları arasında şehzadeler arası saltanat mücadelelerinin hüküm sürdüğü Fetret Devri bir yana, Sultan Yıldırım Bayezid'in tahta çıkmasından, Sultan II. Murad Hanın vefatına kadar geçen zaman (1389-1451), Osmanlı imparatorluk temellerinin atıldığı bir devir olarak göze çarpar. Osmanlı Devletinin, Timur darbesine maruz kalmasına ve bölünüp parçalanmasına rağmen, 50 yıl içerisinde bir imparatorluk haline gelmesinin sebepleri şunlardır:

1. Daha önce Osman Gazi, Orhan Gazi ve Murâd-ı Hüdâvendigâr'da görüldüğü gibi, devleti idare edecek olan şehzadelerin yetiştirilmesine fevkalâde dikkat gösterilmesi. Ayrıca devrin en yüksek âlimlerinden din ve fen derslerini alan şehzadelerin, aynı zamanda savaşlara katılıp askerlik ve kumandanlık vasıflarını geliştirerek, babalarının yerini tutacak değere ulaşmaları.

Nitekim, babasıyla birlikte Rumeli ve Anadolu'daki bütün savaşlara katılan Yıldırım Bayezid için, Batılı tarihçiler; "Yıldırım Bayezid, bütün tarihin en büyük kumandanlarından biridir" (Benoist) ve "Yıldırım'ın dünya hakimiyetine doğru gittiğini görüyoruz. Ülkesinde demir bir disiplin, mükemmel bir nizam ve asayiş mevcuttur" (Lorga) demektedirler. Gerçekten Yıldırım'ın, 13 yıl gibi kısa bir zamanda, babasından devraldığı 500.000 kilometrekarelik ülkeyi 942.000 kilometrekareye ulaştırması, onun büyük bir kumandan olduğunu göstermektedir.

Yıldırım Bayezid Hanın, Ankara Savaşı sırasında vaziyetin kötüye gittiği bir sırada, Timur kuvvetleri üzerine kasırga gibi atılan bir birliğe gözü takılır ve yanındakilere; "Kimdir bu gelenler?" diye sorar. Yanındakiler; "Padişahım, bunlar oğlunuz Şehzade Mehmed'in kuvvetleridir" derler. Bunun üzerine Yıldırım; "Berhudâr olsun. Kader hükmünü nasıl olsa icrâ edecek. Benim tahtım ona yâdigâr olsun. Onda, parçalanacak Osmanlı ülkesini birleştirecek cevheri görüyorum" demiştir.

Gerçekten de, Bayezid'in 14 yaşındaki en küçük oğlu Şehzade Çelebi Mehmed, Amasya'da saltanatını ilan edecek ve ağabeylerine karşı giriştiği mücadeleyi kazanıp Osmanlı birliğini sağlayacak ve oğluna güçlü bir devlet bırakacaktır. Memleketi ve milleti bunca beladan, fitneden, düşman tehlikesinden ancak parlak bir zekâ, yüksek bir karakter kurtarabilirdi. İşte bütün bunlar Şehzade Mehmed'de henüz daha 14 yaşındayken toplanmıştı. Tarihçiler onu; "Birinci Mehmed; cömert, yumuşak huylu ve olağanüstü kuvvetliydi" ve "Çelebi Mehmed; cömert, dostlarına dost, din ve devlet düşmanlarına karşı gayet şedid idi" cümleleriyle anlatmaktadır.

Sultan Çelebi Mehmed'in ölümü ile, henüz 18 yaşında Osmanlı tahtına çıkan oğlu II. Murad, saltanatın başında, devleti parçalayabilecek gaileler (amcası Mustafa Çelebi ve kardeşi Küçük Mustafa Çelebi hâdiseleri) ile karşı karşıya kaldı. Ancak o, devlet üzerinden bu tehlikeleri bertaraf ettiği gibi, gerçekleştirdiği fetihlerle, İmparatorluğun temellerini atmaya muvaffak oldu. Yetişmesine olağanüstü dikkat ve ihtimam gösterdiği ve Hacı Bayram-ı Velî'den, İstanbul'u fethedeceği müjdesini aldığı oğlu şehzade Mehmed'i (Fatih), idaresini görmek için 13 yaşında tahta çıkardı. Osmanlı tahtında çocuk bir padişahın bulunmasını fırsat bilerek bütün kuvvetlerini birleştiren Avrupa, Türkler üzerine yürürken, baba ile oğul arasındaki şu yazışmalar tarihe geçti. Oğlu Mehmed'in, ordunun başına geçmesi çağrısını, Murad Han reddetti ve devleti, milleti korumanın onun görevi olduğunu söyledi. Bunun üzerine Şehzade Mehmed, babasına; "Eğer Padişah biz isek size emrediyoruz, gelip ordunun başına geçin! Yok siz iseniz, gelip devletinizi müdafaa edin!" şeklinde hitap ederek, ordunun başına geçmesini sağladı. Varna'da düşmanı bozguna uğrattıktan sonra; kendisini tebrik edenlere; "Zafer, oğlumuz Mehmed Hanındır. Biz onun emrinde bir kumandanız" cevabı pek mânidardır.

Görüldüğü üzere yükselme dönemlerinde Osmanlı şehzadeleri, 13-14 yaşlarına geldiklerinde, bir imparatorluğu idare edecek her türlü bilgi ve kabiliyete sahip bulunuyorlardı.

2. Timur fırtınasına uğrayan Osmanlı-Türk Devleti, tarihte Fetret Devri diye anılan ve 12 sene devam eden taht kavgasına sahne olduktan sonra, daha sağlam bir şekilde yayılmaya ve yükselmeye başladı. Bu durum, Osmanlı Devletinin bir cihan hakimiyetine doğru sağlam temeller üzerinde kurulduğunu ve teşkilatlandığını göstermektedir.

Osmanlı İmparatorluğunun kudret kaynaklarından en önemlisi hiç şüphesiz, merkeziyetçi bir devlet oluşu idi. Osmanlılardan önceki Türk hakan ve sultanları, devleti, hanedanın ortak malı kabul ettikleri için, hanedana mensup şehzade ve beyler arasında saltanat mücadeleleri eksik olmuyordu. Her ne kadar, ailenin en büyüğü, ulu bey unvanıyla merkezde oturuyor ve devletin diğer bölgelerinde hüküm sürenler ona bağlı bulunuyorlar idiyse de, bu gibi durumlarda devletin birliği, ancak, kudretli şahsiyetler sayesinde devam edebiliyordu. Devlet merkezinde en küçük bir zaafın vuku bulması durumunda, eyaletlerdeki şehzadeler veya kudretli beyler, derhal istiklal mücadelesine girişiyorlardı.

Türk tarihinde ilk defa olarak, Osmanlıların, merkeziyetçi bir devlet sistemiyle meydana çıkması, büyük bir siyasi inkılap oldu. Osmanlı hanedanı, diğer Anadolu beyleri gibi, menşe itibariyle göçebe olduğu ve millî gelenekleri muhafaza ettiği halde, devletin taksim edilemez, mukaddes bir varlık olduğunu kavramış, sağlam ve istikrarlı bir devlet teşkilatı vücuda getirmeyi başarmıştı. Rivayete göre, Osman Gazi ölünce, Orhan Gazi, hükümdarlığı kardeşi Alâaddin Paşa'ya teklif eder. Fakat Alâaddin Paşa; "Gel kardaş, ataların duâsı ve himmeti seninledür. Ânınçün kendü zamanında seni askere koşdılar... ve hem bu azîzler dahî bunu kabul itdiler" cevabıyla, hakimiyeti, daha lâyık olan Orhan Gaziye bıraktı. Böylece Osmanlı Beyliği, daha kuruluşunda bir saltanat mücadelesinden, bölünme ve sarsıntıdan kurtulmuş oldu.

Ancak, Birinci Murad Anadolu'da meşgulken, Rumeli kuvvetlerinin başında bulunan Şehzade Savcı, babasına karşı tehlikeli bir harekete girişti. Onun, Bizans prensi Andronikos'la birleşmesi bir ibret dersi oldu. "Fitne kıtalden daha şiddetlidir" düşüncesiyle hareket eden Birinci Murad Han oğlunu öldürttü ve böylece Osmanlı tarihinde, ilk şehzade katli hadisesi meydana geldi. Âdil padişah Murad-ı Hüdavendigâr şehid olunca yerine geçen Yıldırım Bayezid de, aynı düşüncenin mahsulü olarak, kardeşi Yakup Çelebi'yi bertaraf etti. Fatih Sultan Mehmed ise, bir saltanat endişesi ve rakibi bulunmadığı halde, kendi adını taşıyan kanunnameye; "Evladımdan her kimseye saltanat müyesser ola, karındaşların nizam-ı âlem içün katletmek münâsibdür. Ekseri ulemâ dahî tecvîz itmişdür; anınla âmil olalar" maddesini koyarken, bu örfü kanunlaştırmıştır. Padişah olmak düşüncesiyle hareket eden şehzadeler, kendilerini en iyi şekilde hazırlıyorlardı. XVI. Yüzyılın başlarından itibaren, bu düşünce terk edilince, şehzadeler, vezirlerdeki fikir ayrılıklarına göre yönlendirildiler. Sultan Birinci Mustafa, tahtı istemediği halde padişah oldu. Sultan İkinci Osman, bu ayrılıklar sebebiyle öldürüldü. Bu durum, Sultan Abdülaziz'in ölümüne kadar gidecek ve Osmanlı Devletinde vezirler hakimiyeti ortaya çıkacaktır. Gerçekte şehzadenin şehzade ile değil de vezirlerle mücadelesi de, devlet için bir bahtsızlık olmuştur.

Padişahlar ve âlimler gibi, halk da, nizam-ı âlem düşüncesi, din ve devletin bekası kaygısı ile, zaruret halinde kardeş katlini tasvip ediyordu. Kanunî devrinde Türkiye'ye gelen, İmparator Ferdinand'ın elçisi Busbecq; "Müslümanlarda, Osmanlı hanedanı sayesinde ayakta durdukları, din ve devletin selameti ve bekasının, evlattan daha mühim olduğu" kanaatinin yaygın bulunduğunu bildirmektedir. Timur'un oğlu Şahruh'un, Çelebi Sultan Mehmed'e yazdığı bir mektupta; "Süleyman Bey ve İsa Bey ile mücadele ettiğinizi ve Osmanlı töresince onları bu fani dünyadan uzaklaştırdığınız haberini aldık. Ama, biraderler arasında bu usul İlhanî töresine münasip değildir" sözüne karşılık Çelebi Mehmed; "Osmanlı padişahları, başlangıçtan beri, tecrübeyi kendilerine rehber yapmışlar ve saltanatta ortaklığı kabul etmemişlerdir. On derviş bir kilim üzerinde uyur. Lâkin iki padişah bir iklime sığmaz. Zîra etrafta din ve devlet düşmanları fırsat beklemektedir. Nitekim, mâlum-u âlileridir ki, pederinizin arkasından (Ankara Savaşı) kâfirler fırsat buldu. Selanik ve başka beldeler, Müslümanların elinden çıktı" diye cevap vermiştir.

Yine, Cem Sultan'ın ülkeyi paylaşma teklifine karşı İkinci Bayezid'in; "Bu kişver-i Rûm bir Ser-i Pûşîde-i arus-i pür nâmustur ki, iki dâmâd hutbesinde tâb götürmez" (Osmanlı Devleti öyle namuslu bir gelindir ki, iki damadın talebine tahammül edemez) cevabı, Osmanlıların nizâm-ı âlem mefkûresine bağlılıklarını göstermektedir. Bayezid Han bu cevabıyla saltanatı, namusun timsali olan geline benzetmiş, paylaşılamayacağına dâir duygularını belirtmiştir.

3. Osmanlı merkeziyetçi devlet sisteminde ikinci önemli husus, timar sistemidir. Büyük Selçuklular, geniş askerî iktaları, kendilerine bağlı Türkmen beylerine veya sarayda yetişen köle kumandanlara veriyorlardı. Ancak bu Türk kumandanları, devletin zayıflamasıyla birlikte, Selçuklu İmparatorluğu içerisinde yeni devletler ve atabeylikler ortaya çıkarıyor, böylece devlet kısa bir süre sonra, üç beş parçaya bölünebiliyordu. Osmanlılar ise, Selçuklulardan devraldıkları bu mîrî toprak rejimini çok daha ileri ve mahirâne metodlarla olgunlaştırdılar. Bunun üzerine kurulan timar (ikta) usulü, Osmanlı ordusunun temeli olurken, Türk askerleri (sipahiler), sancak beylerinin emrinde fakat padişaha bağlı idiler. Çünkü askerlerin geçimlerini sağlayan timarları ve sancak beylerinin zeâmetleri de padişah tarafından veriliyordu. İşte büyük Osmanlı ordusunun esasını bu timarlı askerler teşkil ediyor ve merkezdeki yeniçeriler, ancak 10.000-20.000 arasında değişiyordu.